Stopnica należy do niezmiernie starych, tajemniczych osad, położonych na terenie dawnej ziemi sandomierskiej.  Zarówno kościół parafialny pw. św. Piotra i Pawła, jak i tutejsza siedziba rezydencjonalna (najpierw książęca, a potem królewska), swoimi początkami sięgają wczesnego średniowiecza. Miasto, lokowane w 14. stuleciu, do końca XVIII wieku stanowiło ważny ośrodek miejski, zarówno pod względem gospodarczym, politycznym jak i kulturowym.

Stopnica oddalona jest od Buska-Zdroju ok. 20 kilometrów. Zabudowa miasta z rynkiem i kościołem parafialnym rozłożona jest na wzgórzu o dość stromych zboczach (od strony zachodniej i południowej). Pomiędzy zespołem dworskim a miastem przepływa rzeka Stopniczanka, na której zbudowano wielki staw rozdzielający obie części urbanistycznego założenia (dziś nie istnieje). Zapewne z najstarszego okresu funkcjonowania osady pochodzi zabytkowy układ miasta o wrzecionowatym kształcie – dawnego miejsca targowego, tzw. owalnicy, na co wskazuje także peryferyjne względem rynku położenie siedziby parafii.

Niewykluczone, że powstanie osady wiązać można z upadkiem “plemiennego” jeszcze grodu w pobliskim Szczaworyżu. Ciekawie prezentuje się również przekaz o kościele (czy też raczej kaplicy) w pobliskim Szklanowie noszącym wezwanie św. Zofii (wezwanie b. rzadkie w kościele katolickim, za to częste w obrządku wschodnim), według tradycji pochodzącej z X wieku.  Obiekt ten został rozebrany w latach 1746-1758, którą to tradycję upamiętniano figurą przydrożną z 1677 roku.

Pierwsza pewna wzmianka źródłowa o stopnickim kościele parafialnym pojawia się w “Rocznikach” Jana Długosza pod rokiem 1103, a dotyczy tutejszego kanonika i proboszcza Baldwina, który tego roku został powołany na stolec biskupstwa krakowskiego. Świadczy to o tym, że Stopnica w tym czasie była miejscowością o niebagatelnej roli i randze na terenie Małopolski z kościołem parafialnym i zgromadzeniem kanoników, które utrzymywało bliski kontakt z krakowskim ośrodkiem kościelnym, administracyjnym i dworskim.

Przyjmuje się, że w tym czasie istniał w Stopnicy dwór, czy też może gród książęcy, który funkcjonować miał za czasów księcia sandomierskiego Bolesława Wstydliwego. Na ten temat wiadomo dziś niewiele, jako że nie znamy nawet przybliżonej lokalizacji takiej rezydencji w najbliższej okolicy miasta.

Stopnica miała doskonałe położenie na drodze z Krakowa (a dokładniej z Nowego Korczyna) do Sandomierza, jako tzw. stacja królewska zapewniała królowi stale podróżującemu po kraju miejsce odpoczynku, otoczona była rozległymi terenami (wówczas należącymi do księcia), na którym wycinano prastary las pod nowe osady. Niebagatelnym wydarzeniem dla rozwoju Stopnicy była lokacja miejska pobliskiego Buska w 1287 r., gdzie wydobywana była sól (w formie solanki) jedyna wówczas na terenie Małopolski. Dzięki obecności soli na rynku buskim możliwe było powstanie i funkcjonowanie targu o szerszym oddziaływaniu.

Kolejny impuls w rozwoju osady nadał Władysław Łokietek, który lokował miasto Stopnica na tzw. prawie polskim. Jego syn Kazimierz, przez potomnych zwany Wielkim, przeniósł je na lepsze dla mieszczan prawo magdeburskie przywilejem z 1362 r., zaś w miejsce drewnianego funduje kościół murowany i szkołę oraz “zamek” w postaci tzw. wieży mieszkalnej. Według starych inwentarzy wiemy, że stała ona na południe od obecnego budynku szkoły. Władca ten miał do końca swego życia wielki sentyment do miasta, w tutejszym kościele pozostawił pamiątki, z których jedna z nich – herma na głowę św. Marii Magdaleny, wykonana z kutego srebra, zachowała się szczęśliwie do dnia dzisiejszego (eksponowana w Kielcach w Muzeum Diecezjalnym).

Złoty wiek miasto przeżywało w okresie Jagiellonów. Król Władysław Jagiełło zdecydował się wydzielić z dóbr królewskich klucz stopnicki i przekazał go w ręce prywatne. W ten sposób powstało tzw. starostwo niegrodowe stopnickie, obejmujące poza miastem jeszcze wsie okoliczne, przekazywane z jednych w drugie ręce. Jest to okres największego rozwoju gospodarczego i kulturowego w dziejach miasta. W tutejszej szkole kształcił się stopniczanin, Jan ze Stobnicy, profesor Akademii Krakowskiej, autor dzieła “Wstęp do Kosmografii Ptolemeusza” (zbioru wiedzy o świecie zawierającego pierwsze w Polsce dokładniejsze informacje o Ameryce!).
W okresie postępu Reformacji w okolicznych dworach szlacheckich wielu przeszło na wyznanie “szwajcarskie”, czyli słuchało się nauk Jana Kalwina. Nie tylko w okolicy, ale nawet na terenie dworskim powstał i funkcjonował dość długo zbór kalwiński. Stopnica była w tym czasie miastem dostatnim, wielowyznaniowym i respektującym postanowienia pokoju religijnego. Wielkim ciosem dla miasta i jego mieszkańców był tzw. “potop” szwedzki, który miał miejsce w połowie XVII w., następnie kolejny, równie niszczący najazd wojsk w 1702 r. Towarzyszyły im pożary, epidemie i ogólne rozprzężenie we wszystkich dziedzinach życia. Około połowy XVIII wieku rozpoczęty proces naprawczy miasta zainicjowany przez dwór królewski, jak i mieszczan stopnickich, został zatrzymany w 1795 roku mocą traktatu rozbiorowego. Tego samego roku wielki pożar zniszczył zabudowę miasta.

Promykiem nadziei było utworzone w 1807 r. Księstwo Warszawskie, do którego w 1809 r. dołączyła okolica Stopnicy. Decyzją ówczesnej administracji miasto stało się siedzibą rozległego powiatu stopnickiego. Niestety, po upadku powstania styczniowego (1864), mocą zarządzenia administracyjnego odebrano miastu jego prawa municypalne – Stopnica stała się osadą. Kolejnym ciosem było odebranie wszystkich urzędów związanych z funkcjonowaniem powiatem, który w 1915 r. przeniesiony został do pobliskiego Buska…

Podczas drugiej wojny Stopnica znalazła się na drodze I Frontu Ukraińskiego. Wojska niemieckie i radzieckie jeszcze w sierpniu 1944r. stanęły naprzeciwko siebie na linii od południa od Szczucina ku północy poprzez Stopnicę, okolice Szydłowa, Rakowa i dalej do Wisły w rejon Zawichostu. Zgromadzone siły po obydwu stronach liczyły ponad milion żołnierzy, dziewięć tysięcy dział, siedem tysięcy moździerzy i ponad trzy tysiące czołgów i dział pancernych wchodziły trzy armie piechoty gwardii, dwie armie pancerne i dwa korpusy pancerne. Linia obrony Niemców poprowadzona została przez zabudowania (ruiny) miasta Stopnicy z cmentarzem na wzgórzu. Na jego terenie wybudowano potężne bunkry, umocniono domy piętrowe na ulicach Kościuszki i 3 Maja. Część ulic, placów i ogrodów zaminowano a wyloty ulic zabarykadowano. Kamienny most drogowy na rzece w kierunku zamku zaminowano, a kościół farny pod wezwaniem świętych apostołów Piotra i Pawła oraz dzwonnicę i kościół klasztorny reformatów wysadzono w powietrze.

12 stycznia 1945 roku o godzinie trzeciej po ostrzale artyleryjskim wojska radzieckie rozpoczęły natarcie. Główne uderzenie zostało poprzedzone przygotowaniem artyleryjskim, od godziny ósmej ogień prowadziło dziewięć tysięcy dział, moździerzy i wyrzutni rakietowych. Huraganowy ostrzał oszołomił i sparaliżował Niemców powodując znaczne straty w ludziach i sprzęcie. Zniszczona została całkowicie zabudowa Stopnicy – mocno uszkodzony został “kazimierzowski” kościół, spalony dawny dwór starościński (zwany zamkiem), a klasztor reformatów został przez wojska niemieckie wysadzony w powietrze.

Po wojnie do zniszczonych domów powrócili mieszkańcy, kościół został podniesiony ze zgliszcz, do klasztoru przybyli ojcowie sercanie. Dawna rezydencja starościńska została odbudowana i długo funkcjonowała jako ośrodek obrotu warzywami. Dziś w jej murach funkcjonuje Gminne Centrum Kultury w Stopnicy.