Przedsiębiorca samodzielnie ustala wysokość opłaty eksploatacyjnej należnej za okres rozliczeniowy. Okresem rozliczeniowym z tytułu opłaty eksploatacyjnej jest półrocze liczone odpowiednio od dnia 1 stycznia do dnia 30 czerwca i od dnia 1 lipca do dnia 31 grudnia.

Opłata eksploatacyjna ustalana jest jako iloczyn jej stawki oraz ilości kopaliny wydobytej ze złoża bilansowego i pozabilansowego, w okresie rozliczeniowym.

Minister właściwy do spraw środowiska ogłasza, w drodze obwieszczenia, w Dzienniku Urzędowym Rzeczypospolitej Polskiej “Monitor Polski” stawki opłat obowiązujące na następny rok kalendarzowy.

W przypadku kopaliny towarzyszącej do obliczeń stosuje się 50% stawki opłaty eksploatacyjnej.

Zgodnie z art. 63 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa, podstawę opodatkowania, kwoty podatków, odsetki za zwłokę, opłaty prolongacyjne, oprocentowanie nadpłat oraz wynagrodzenia przysługujące płatnikom i inkasentom zaokrągla się do pełnych złotych w ten sposób, że końcówki kwot wynoszące mniej niż 50 groszy pomija się, a końcówki kwot wynoszące 50 i więcej groszy podwyższa się do pełnych złotych.

Części opłaty eksploatacyjnej przypadające NFOŚiGW oraz gminie nie podlegają zaokrągleniu.

W przypadku, kiedy wysokość opłaty należnej za okres rozliczeniowy nie przekracza 300 zł, obowiązek jej zapłaty nie powstaje. Nie zwalnia to z obowiązku przedłożenia informacji.

Jeżeli ostatni dzień wyznaczonego terminu przypada na sobotę lub dzień ustawowo wolny od pracy, za ostatni dzień tego terminu uważa się następny dzień po dniu lub dniach wolnych od pracy